7  Opérations sur les géométries

7.1 Extraire des centroïdes

com_c <- st_centroid(com)
#> Warning: st_centroid assumes attributes are constant over geometries
mf_map(com)
mf_map(com_c, add = TRUE, cex = 1.2, col = "red", pch = 20)

7.2 Agréger des polygones

dep_46 <- st_union(com)

mf_map(com, col = "lightblue")
mf_map(dep_46, col = NA, border = "red", lwd = 2, add = TRUE)

7.3 Agréger des polygones en fonction d’une variable

  • Avec la fonction tapply()
# variable servant à agréger les polygones
i <- com$STATUT 

com_u <- st_sf(
  STATUT     = tapply(X = com$STATUT     , INDEX = i, FUN = head, 1),
  POPULATION = tapply(X = com$POPULATION , INDEX = i, FUN = sum), 
  geometry   = tapply(X = com            , INDEX = i, FUN = st_union), 
  crs        = st_crs(com)
)

tapply(X, INDEX, FUN) permet d’aggréger une variable en fonction d’une autre.
Il faut indiquer la variable à agréger X, la variable servant à agréger INDEX et la manière d’agréger (la fonction d’agrégation) FUN.

Ici par exemple nous calculons la somme des population des communes en fonction de leur statut :

tapply(X = com$POPULATION, INDEX = com$STATUT, FUN = sum)
#>  Commune simple      Préfecture Sous-préfecture 
#>          140259           19907           13763

tapply() fonctionne également avec les objets sf et sfc:

st_sf(geometry = st_sfc(tapply(com, com$STATUT, st_union)))
#> Simple feature collection with 3 features and 0 fields
#> Geometry type: GEOMETRY
#> Dimension:     XY
#> Bounding box:  xmin: 539668.5 ymin: 6346290 xmax: 637380.9 ymax: 6439668
#> CRS:           NA
#>                         geometry
#> 1 POLYGON ((554732.7 6356281,...
#> 2 MULTIPOLYGON (((580994.5 63...
#> 3 MULTIPOLYGON (((626296.4 63...

Nous pouvons ensuite combiner plusieurs appels tapply() à l’interieur d’un appel à st_sf() en ajoutant également les informations sur le système de coordonnées.

st_sf(
  STATUT     = tapply(com$STATUT    , com$STATUT, head, 1), # identifiants
  POPULATION = tapply(com$POPULATION, com$STATUT, sum),     # somme des populations
  geometry   = tapply(com           , com$STATUT, st_union),# union des géométries 
  crs        = st_crs(com)                                  # information sur le CRS
) 
#> Simple feature collection with 3 features and 2 fields
#> Geometry type: GEOMETRY
#> Dimension:     XY
#> Bounding box:  xmin: 539668.5 ymin: 6346290 xmax: 637380.9 ymax: 6439668
#> Projected CRS: RGF93 v1 / Lambert-93
#>            STATUT POPULATION                       geometry
#> 1  Commune simple     140259 POLYGON ((554732.7 6356281,...
#> 2      Préfecture      19907 MULTIPOLYGON (((580994.5 63...
#> 3 Sous-préfecture      13763 MULTIPOLYGON (((626296.4 63...

L’avantage de cette solution est qu’elle permet d’agréger les variables attributaires avec des fonctions d’agrégation différentes. Nous pouvons par exemple utiliser la somme pour une population (un stock) et la moyenne pour un taux de chômage (un ratio).

  • Avec la fonction aggregate()
com_u <- aggregate(
  x = com["POPULATION"], 
  by = list(STATUT = com$STATUT), 
  FUN = sum
)

Cette solution ne permettra pas d’agréger les variables attributaires avec des fonctions d’agrégation différentes. Nous devons donc choisir avec précaution en amont les variables que l’on souhaite agréger et leur fonction d’agrégation.

  • Avec la bibliothèque dplyr
library(dplyr)
#> 
#> Attaching package: 'dplyr'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#> 
#>     filter, lag
#> The following objects are masked from 'package:base':
#> 
#>     intersect, setdiff, setequal, union
com_u <- com |>
  group_by(STATUT) |>
  summarise(POPULATION = sum(POPULATION))

7.4 Construire une zone tampon

La fonction st_buffer() permet de construire des zones tampons. La distance est exprimée en unité de la projection utilisée (st_crs(x)$units).

gramat <- com[com$NOM_COM == "Gramat", ]

gramat_b <- st_buffer(x = gramat, dist = 5000)

mf_map(gramat_b, col = "lightblue", lwd=2, border = "red")
mf_map(gramat, add = TRUE, lwd = 2)

7.5 Réaliser une intersection

En utilisant la fonction st_intersection(), on peut découper une couche par une autre.

# création d'une zone tampon autour du centroide de la commune de Gramat
zone <- st_geometry(gramat) |> 
  st_centroid() |> 
  st_buffer(10000)

mf_map(com)
mf_map(zone, border = "red", col = NA, lwd = 2, add = TRUE)

com_z <- st_intersection(x = com, y = zone)
#> Warning: attribute variables are assumed to be spatially constant throughout
#> all geometries
mf_map(com)
mf_map(com_z, col = "red", border = "green", add = TRUE)

mf_map(com_z)

Dans cette exemple nous avons utilisé les pipes (|>). Les pipes permettent d’enchaîner une suite d’instructions.

7.6 Créer une grille régulière

La fonction st_make_grid() permet de créer une grille régulière. La fonction produit un objet sfc, il faut ensuite utiliser la fonction st_sf() pour transformer cet objet sfc en objet sf. Lors de cette transformation nous rajoutons ici une colonne d’identifiants uniques.

# Création de la grille
grid <- st_make_grid(x = com, cellsize = 5000)

# Ajout d'un identifiant unique
grid <- st_sf(ID = 1:length(grid), geom = grid)

mf_map(grid, col = "grey", border = "white")
mf_map(com, col = NA, border = "grey50", add = TRUE)

7.7 Compter des points dans un polygone

Sélection des carreaux de la grille qui intersectent le département avec st_filter().

grid <- st_filter(grid, dep_46, .predicate = st_intersects)

# Import d'une couche géographique ponctuelle des restaurants du Lot
restaurant <- st_read("data/lot.gpkg", layer = "restaurants", quiet = TRUE)

mf_map(grid, col = "grey", border = "white")
mf_map(restaurant, pch = 20, col = "red", cex = .5, add = TRUE)

Nous utilisons ensuite la fonction st_intersects(..., sparse = TRUE) qui nous permettra d’avoir pour chaque élément de l’objet grid la liste des éléments (via leurs indexes) de l’objet restaurant qui se trouvent à l’intérieur.

inter <- st_intersects(grid, restaurant, sparse = TRUE)

length(inter) == nrow(grid)
#> [1] TRUE

Pour compter le nombre de restaurants il suffit donc de reporter la longueur de chacun des éléments de cette liste.

grid$nb_restaurant <- lengths(inter)

mf_map(grid)
mf_map(grid, var = "nb_restaurant", type = "prop")
#> 94 '0' values are not plotted on the map.

7.8 Agréger les valeurs de points dans des polygones

Ici nous voulons résumer l’information contenue dans une couche de points dans des polygones. Nous voulons connaître l’altitude minimale et maximale de chaque communes.
Nous commencons par importer une couche de points d’altitude, la couche elevations du fichier lot.gpkg.

elev <- st_read("data/lot.gpkg", "elevations", quiet = TRUE)

mf_map(elev, "elevation", "choro", 
       breaks = c(80, seq(100, 700, by = 100), 742),
       pal = hcl.colors(8, "Terrain2"), 
       pch = 21, leg_pos = "topleft", cex = .75)

L’objectif est d’agréger les valeurs de ces points (les altitudes contenues dans le champ elevation) dans les communes du Lot.

En utilisant la fonction st_join() nous pouvons récupérer les attributs des communes dans lesquelles se trouvent les points.

inter <- st_join(x = elev, y = com[, "INSEE_COM"])
inter
#> Simple feature collection with 5228 features and 2 fields
#> Geometry type: POINT
#> Dimension:     XY
#> Bounding box:  xmin: 540333.3 ymin: 6347372 xmax: 637333.3 ymax: 6439372
#> Projected CRS: RGF93 v1 / Lambert-93
#> First 10 features:
#>    elevation INSEE_COM                     geom
#> 1   308.8546     46083 POINT (584333.3 6439372)
#> 2   304.6855     46083 POINT (582333.3 6438372)
#> 3   290.6638     46083 POINT (583333.3 6438372)
#> 4   295.0353     46083 POINT (584333.3 6438372)
#> 5   297.6773     46083 POINT (587333.3 6438372)
#> 6   257.7393     46083 POINT (588333.3 6438372)
#> 7   310.1883     46083 POINT (580333.3 6437372)
#> 8   305.0571     46083 POINT (581333.3 6437372)
#> 9   298.5876     46083 POINT (582333.3 6437372)
#> 10  287.6990     46083 POINT (583333.3 6437372)

Nous pouvons ensuite utiliser la fonction aggregate() pour agréger les altitudes par communes, d’abord l’altitude minimale, puis l’altitude maximale.

# x   : la variable que l'on veut agréger
# by  : la variable qui servira à agréger 
# FUN : la fonction à utiliser lors de l'agrégation
alti_min <- aggregate(x   = list(alt_min   = inter$elevation),    
                      by  = list(INSEE_COM = inter$INSEE_COM),
                      FUN = "min")

alti_max <- aggregate(x   = list(alt_max   = inter$elevation),
                      by  = list(INSEE_COM = inter$INSEE_COM),
                      FUN = "max")

head(alti_max, n = 3)
#>   INSEE_COM  alt_max
#> 1     46001 302.4913
#> 2     46002 393.9218
#> 3     46003 376.6632

On peut ensuite combiner ces résultats à la couche des communes (avec la fonction merge()).

com <- merge(com, alti_min, by = "INSEE_COM", all.x = TRUE)
com <- merge(com, alti_max, by = "INSEE_COM", all.x = TRUE)
head(com, n = 3)
#> Simple feature collection with 3 features and 14 fields
#> Geometry type: MULTIPOLYGON
#> Dimension:     XY
#> Bounding box:  xmin: 557759.2 ymin: 6371852 xmax: 607179 ymax: 6418606
#> Projected CRS: RGF93 v1 / Lambert-93
#>   INSEE_COM  NOM_COM         STATUT POPULATION     AGR_H    AGR_F     IND_H
#> 1     46001    Albas Commune simple        522  4.978581 0.000000  4.936153
#> 2     46002   Albiac Commune simple         67  0.000000 9.589041  0.000000
#> 3     46003 Alvignac Commune simple        706 10.419682 0.000000 10.419682
#>      IND_F     BTP_H BTP_F     TER_H     TER_F  alt_min  alt_max
#> 1 0.000000  9.957527     0 44.917145 34.681799 109.5772 302.4913
#> 2 0.000000  4.794521     0  4.794521  9.589041 363.4579 393.9218
#> 3 5.209841 10.419682     0 57.308249 78.147612 258.8378 376.6632
#>                             geom
#> 1 MULTIPOLYGON (((559262 6371...
#> 2 MULTIPOLYGON (((605540.7 64...
#> 3 MULTIPOLYGON (((593707.7 64...
bks <- c(80, seq(100, 700, by = 100), 742)
cols <- hcl.colors(8, "Terrain2")

mf_map(com, "alt_min", "choro", breaks = bks, pal = cols)
mf_map(com, "alt_max", "choro", breaks = bks, pal = cols)

7.9 Simplifier des géométries

Le package rmapshaper (Teucher et Russell, 2023) s’appuie sur la bibliothèque JavaScript Mapshaper (Bloch, 2013) pour proposer plusieurs méthodes de simplification des géométries qui respectent la topologie.
L’argument keep permet d’indiquer le niveau de simplification. L’argument keep_shapes permet de conserver tous les polygones quand le niveau de simplification est élevé.

library("rmapshaper")
com_simp1 <- ms_simplify(com, keep = 0.01 , keep_shapes = TRUE)
com_simp2 <- ms_simplify(com, keep = 0.001, keep_shapes = TRUE)
mf_map(com)
mf_map(com_simp1)
mf_map(com_simp2)

Exercice

  1. Calculez le nombre de restaurants par commune.

  2. Quelles communes ont plus de 10 restaurants et moins de 1000 habitants ?

  3. Créez une carte où vous afficherez toutes les communes en gris et les communes sélectionnées plus haut en rouge.